شناسایی و اعتبارسنجی نشانگرهای توالی ساده تکراری (SSR) برای ماهی گطان (Luciobarbus xanthopterus) بر پایه داده‌های RNA-Seq

نویسندگان

1 گروه علوم دامی، دانشکده علوم دامی و صنایع غذایی، دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی خوزستان، ملاثانی، ایران

2 پژوهشکده آبزی‌پروری جنوب کشور، موسسه تحقیقات علوم شیلاتی کشور، سازمان تحقیقات، آموزش و ترویج کشاورزی، اهواز، ایران

چکیده

این پژوهش به منظور شناسایی و اعتبارسنجی نشانگرهای توالی ساده تکراری (SSR) مربوط به گونه ماهی گطان (Luciobarbus xanthopterus) با استفاده از داده‌های RNA-Seq انجام شد. پس از جداسازی بافت کبد، استخراج RNA از نمونه‌‌ها انجام گرفت. نمونه‌ها با استفاده از پلتفرم ایلومینا Novaseq 6000 توالی‌‌یابی شدند. برای بازسازی رونوشت‌‌ها، از نرم‌‌افزار Trinity (نسخه 2.15.1) استفاده شد. شناسایی SSRs با استفاده از از پایگاه MISA انجام شد. پرایمرهای مورد نیاز در واکنش زنجیره‌ای پلیمراز برای 5 نشانگر SSR با نرم افزار PRIMER 3 طراحی و بر 45 ماهی گطان مورد ارزیابی قرار گرفت. سرهم‌‌بندی رونوشت‌‌ها با برنامه Trinity، 941،894 یونی ژن و 1،768،662 ترانسکریپت ایجاد کرد. در این مطالعه، بررسی 1،276،825 توالی به‌وسیله نرم‌‌افزار MISA، منجر به شناسایی تعداد 349،871 نشانگر SSR شد. در میان SSRs ، تکرارهای دو و سه نوکلئوتیدی به‌ترتیب با 37/89 درصد و 05/8 درصد، بیشترین تعداد تکرار را به‌خود اختصاص دادند. 5 پرایمر مورد استفاده، 2 جایگاه چندشکلی را نشان دادند. هتروزیگوسیتی مورد انتظار و مشاهده شده برای جایگاه MN1359 به‌ترتیب 785/0 و 147/0 و برای جایگاه GM1371 به‌ترتیب 770/0 و 093/0 محاسبه شد. به‌علاوه، آزمون کای مربع نشان داد که جمعیت برای هر دو جایگاه در تعادل هاردی-‏وینبرگ قرار ندارد. نتایج ارزیابی معیار‌‌های مختلف تنوع ژنتیکی همگی گویای کاهش تنوع در بین جمعیت مورد مطالعه بود. به طور کلی، نتایج این تحقیق نشان داد که SSRs جدید می‌توانند برای اصلاح نژاد، مطالعات ژنومیک عملکردی و بررسی تنوع ژنتیکی ماهی گطان مفید باشند.

کلیدواژه‌ها

عنوان مقاله [English]

Identification and validation of simple sequence repeats (SSR) markers for yellowfin barbel (Luciobarbus xanthopterus) using RNA-Seq data

نویسندگان [English]

  • G. Mohammadi Ahvazi 1
  • M.T. Beigi Nasiri 1
  • M. Nazari 1
  • A.S. Sadr 2
مجله علمی شیلات ایران
دوره 33، شماره 1
فروردین و اردیبهشت 1403
صفحه 15-27

فایل ها

هم رسانی

ارجاع به این مقاله

آمار