ارزیابی شاخص‌‌های میکروبی منابع آبی نظیر رودخانه‌‌ها، دریاها و سدها از اهمیت خاصی برخوردار است زیرا میکروارگانیسم‌های مذکور باعث تغییر آب از نظر کیفی و بهداشتی می‌شوند و از سویی، بر تغییرات کمی و کیفی سایر موجودات تاثیرگذارند. در این مطالعه، جمعیت باکتری‌های شاخص شامل باکتری‌های هتروتروف، کلی‌‌فرم‌‌ها و کلی‌‌فرم‌‌های مدفوعی در سرشاخه‌های قشلاق و گاوه رود سد ژاوه استان کردستان مورد بررسی قرار گرفت. ایستگاه‌های مورد بررسی شامل بالادست قشلاق، شاخه قشلاق رود 1، شاخه قشلاق رود 2، شاخه گاوه رود و شاخه سیروان بود. نتایج نشان داد که میانگین و انحراف معیار باکتری‌های هتروتروف یا شمارش کلی باکتری‌ها در فصول پاییز 1399، زمستان 1399، بهار 1400 و تابستان 1400 در ایستگاه‌های پنج گانه به‌ترتیب 22/0±30/7، 63/0±54/6، 67/0±08/7، 32/0±58/7 واحد تشکیل کلنی در 100 میلی‌لیتر، شمارش کلی فرم‌ها به‌ترتیب 07/1±11/4، 27/1±61/3، 55/0±48/4 و 22/1±23/5 واحد تشکیل کلنی در 100 میلی‌لیتر و شمارش کلی‌‌فرم های مدفوعی به‌ترتیب 07/1±84/2، 79/0±042/3، 18/1±86/2 و 98/1±44/3 واحد تشکیل کلنی در 100 میلی‌لیتر بود. آلودگی رودخانه خارج از دامنه استاندارد بوده که علت آن نیز ورود فاضلاب‌های روستایی ناشی از مزارع کشاورزی و ورود پساب از مناطق کشاورزی است. در این تحقیق، بیشترین منبع آلوده‌کننده رودخانه قشلاق و گاوه رود، به دلیل بهینه نبودن سیستم تصفیه خانه شهرستان سنندج بوده است ولی نمی توان سایر منابع آلاینده نظیر فاضلاب ناشی از انواع دام‌ها، انواع سموم و کودهای حاصل از فعالیت های کشاورزی، شستشوی و فرسایش خاک و ... را نیز نادیده گرفت. یکی از روش‌های پیشنهادی جهت کاهش میزان باکتری‌های شاخص در رودخانه قشلاق، بهینه‌سازی فرآیند تصفیه‌خانه فاضلاب و تکمیل فرآیند ساخت و تجهیز آن است.
)